许多审核员认为审核一个EMS的有效性包括两方面。一是体系的有效性，即体系能保证实现企业的环境方针和目标指标；对体系评价出的重要环境因素能实施有效控制；通过对体系的监测测量、不符合项的纠正与预防、内审和管理评审等要素的实施，使企业的体系形成一套能自我发现、自我纠正、自我完善的机制；员工通过体系垫肩里和实施提高了环境保护意识，并能够自觉地遵守与本岗位有关的程序或作业指导书的规定。二是环境管理体系实施效果的有效性，即污染预防方面的绩效；能源和资源消耗降低方面的成效；改进产品的性能、降低产品使用中对环境的影响，实现产品废弃后的再生资源化，强化环境管理体系整体不断改进的环境绩效。
在17要素的主线上看是否有效，主要看环境因素识别是否全面和评价准确；目标指标是否包括全部与重要环境因素相关的产品和服务活动等；环境管理方案是否具有可操作性；运行控制是否与监测和测量有逻辑上的关联，与不符合、纠正和预防有反馈和交流，并设定好运行标准。